在黄山贡菊整个生长过程中，病虫害是陆续不断地发生的，而且种类较多，应经常注意观察，做好对病虫害发生流行时间和规律的测报工作，准确、及时、有的放矢的开展病虫害防治工作。下面介绍两种防治方法：
一、农业防治
农业防治要着手四个方面的工作。
1、选苗：选用健壮、无病害的苗种或脱毒苗，用来繁殖栽种。
2、清园：烧毁有病的叶、杆或整个带病的植株及进行土壤消毒。
3、轮作：今年种花地，明年不再种，换个品种，进行品种轮换。
4、环保：植株上无枯枝烂叶，地上无杂草，清爽、通风、又排水良好，营造一个菊花生长的舒适生态环境。
二、化学防治(农药防治)
农药防治要掌握的原则，应对症下药，不可盲目乱用药，并轮换用药，按照所用药的说明要求定时、定量、准确用药。剧毒农药、高残留的禁止使用。要使用新研制的高效、低毒、低残留的新农药。确保菊花无农药残留，保持黄山贡菊品质优良的品牌。下面就病害种类和虫害种类分别防治所需的低毒、高效及新药品种介绍如下：
1、病害防治
黄山贡菊病害有20余种，黄山贡菊主要病害有霜霉病、黑斑病(叶枯病、斑枯病)、锈病、根腐病和病毒病5种。
(1)霜霉病在霉季多雨的季节容易发生，病菌侵害菊花茎叶或花蕾，发病后，病斑上可见灰色霉状物。可用：氟马林、抗青素2507、瑞多霉(甲酸磷)、雷多米尔、杜邦克露、加瑞农、杀毒矾、可杀得、甲霜磷锰锌等农药防治。
(2)黑斑病每年从4月开始一直到10月，菊花抽苔到结蕾期均可发生。潮湿多雨，气温24～28℃，一个地块连年栽种或偏施氮肥都有利病害的发生。其症状是：发病严重时病斑之间连成片，使整个叶片变黑枯死，先在菊花下部叶片发病，逐渐向上发展，但不脱落。农药防治宜早不宜迟。可用：多菌灵、石灰等量式波尔多液、甲基托布津、代森锰锌、铜制剂、可杀得、世高(治疗、预防、铲除作用均有)、雷多米尔、加瑞农、70%乙磷铝锰锌、百菌清、敌菌丹等农药防治。
(3)锈病主要以菊柄锈菌病原物为主。病害发生程度与气候条件，品种抗性关系密切。为害叶片，初期呈失绿黄色小点，以后形成红褐色夏孢子堆，后期变为黑褐色冬孢子堆。该病发生流行速度快，可在短期内造成大面积发生，使菊花蒸腾作用迅速提高，造成水份大量丧失，光合作用下降，对产量影响很大。农药防治的施药时期应在病叶率未超过3%时喷药。可用：粉锈宁(三唑酮)、敌力脱等农药防治。
(4)根腐病主要是烂根。可用70%五氯硝基苯(用于土壤消毒，一亩地用一公斤，拌土20～40斤，撒入种植地内)、50%退菌特等农药防治。
(5)病毒病其病来源主要是靠蚜虫传播的。症状是：叶片呈黄一点、皱一点。可用：宁南霉素、菌素清、病毒k、病毒必克等农药防治。
2、虫害防治
黄山贡菊虫害主要是金龟子(幼虫称为蛴螬)、蚜虫、绿盲蝽蟓、卷叶蛾、负蝗等。可用：杀灭菊酯、菜籽并、乐果、蚍虫啉、除尽、除虫脲、半满、毒死蝉、农地乐、辛硫磷、地虫净等农药防治。
以上病害和虫害所介绍的农药、均是高效、低毒、低残留，有的品种是最新研制的高效、低毒、低残留的新药。总之，黄山贡菊病虫害防治应遵循“先防后治，以农业防治为主，农药防治为辅”的原则。并要求黄山贡菊产区的农民在用农药防治病虫害时能在同一时间内进行，这样防治效果更佳。